Falls Sie die Fenster in der Grösse oder ihrer Position verändert haben, können Sie das momentane Layout abspeichern oder wieder zum alten zurückkehren. Bei diesem Menupunkt gibt es zwei Unterpunkte: ,,Speichern`` und ,,Laden``. Die Information legt der Debugger in einer Datei ab, die den Namen M2:M2Debug.prefs hat. Da m2debug die Anordnung immer aus dieser Datei liest, falls sie vorhanden ist, können Sie zur Original-Anordnung der Fenster wieder zurückkehren, indem Sie einfach diese Datei löschen. Speichern und Laden können übrigens auch mit der rechten Amiga-Taste und ,,S`` beziehungsweise ,,L`` aufgerufen werden.